L’estructura presenta tant hèlix alfa com fulles beta
 |
|---|
| Imatge de la proteïna mostrant els elements d’estructura secundària. |
La següent figura mostra la seqüència de la proteïna i les regions amb hèlix alfa (groc) i fulles beta (verd)
 |
|---|
| Seqüència de la proteïna mostrant els elements d’estructura secundària |
La figura mostra l’estructura amb un codi de colors progressiu que permet identificar la regió N-terminal (blau) i la regió C-terminal (vermell).
 |
|---|
| Imatge de la proteïna amb la representació amb colors de fred (blau) a calent (vermell) en funció de la seqüència. |
Malauradament el fitxer PBD no conté massa informació sbre l’estructura secundària i no en podem treure massa profit, en aquest cas. Anem a visualitzar la proteïna a Chimera. Podem observar diversos motius d’estructura supersecundària, que es poden deduir també de l’observació de la seqüència a la figura de més amunt.
| motiu | regio | imatge |
|---|---|---|
| β-hairpin | EDSYRKQVVIDGETCLLDILDT |
 |
| P-loop / Walker motif | GAGGVGKS |
 |
| motius β − α − β amb la fulla β tancada | SAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHQYREQIKRVKDSDDVPMVLVGNKCDLAARTVESRQAQDLARSYGIPYIETSAKTRQGVEDAFYTLVREIR |
 |
Es tracta d’una proteïna α/β, amb un plegament de tipus G-domain-like quin representant és PDB:1CTQ segons la clasificació a SCOP
 |
|---|
| Estructura jeràrquica del domini al qual pertany PDB:5P21, representada a SCOP per PDB:1CTQ |
i de domini que forma part de la superfamília P-loop containing nucleotide triosephosphate hydrolases segons CATH.
Podem començar per cercar a PFAM el codi uniprot de la proteïna. Veiem que es tracta d’una proteïna amb un sol domini ben caracteritzat:
 |
|---|
| Taula resum dels dominis PFAM per al PDB:5p21, UNIPROT: P01112 |
Podem aleshores explorar l’entrada per a aquest domini específic: PFAM: PF00071, i observem que es tracta d’una GTPasa. El domini concret Ras està altament distribuït, trobat en més de 1500 arquitectures diferents, vora 2000 espècies
L’estudi del logo HMM ens mostra una regió molt enriquida en glicines corresponent al P-loop, i també la gran conservació de la Treonina 35 del fitxer PDB (posició 31 en el logo HMM), que és essencial per a la coordinació de l’ió magnesi, que participa en la reacció GTPasa, com es pot apreciar en el centre actiu de la proteïna:
 |
|---|
| Centre actiu de la proteïna PDB:5p21. S’aprecia que l’ió magnesi està coordinat per 6 àtoms d’oxigen: dos provinents de sengles molècules d’aigua, dos dels fosfats β i γ del GTP, un de la serina 17 i un altre de la treonina 35 (aquests dos residus, altament conservats en les posicions 13 i 31 del logo HMM). |
Altres residus altament conservats que s’aprecien al logo PFAM tenen tasques importants en l’activitat de la proteïna Ras.